La estructura organizacional de CIPAV está encabezada en primer lugar por el Consejo Directivo que tiene a su cargo orientar y asesorar al Centro en el cumplimiento de su objeto misional. En segundo orden se encuentra el Director Ejecutivo, designado por el Consejo Directivo y encargado a su vez de la Representación Legal de la Fundación.

La Dirección Ejecutiva tiene como primer nivel de apoyo la Dirección de Investigación, encargada de identificar y proponer a cada área estratégica las prioridades de investigación. En este caso, cada una de las cuatro áreas estratégicas cuenta con un coordinador con nivel de doctorado o experiencia equivalente para la coordinación de las diferentes actividades.

La dirección ejecutiva también cuenta con el apoyo de la Coordinación de Divulgación Sistemas y Estadística, encargada de la revista electrónica y la red de servidores de la Fundación; y la Coordinación Administrativa y Financiera, encargada de los procesos del seguimiento financiero y los procesos administrativos.

En cuanto al área de apoyo administrativo, está integrada por profesionales y tecnólogos encargados de los procesos de contabilidad y pagos; de los procesos de contratación, compras y archivo; una secretaria general; un mensajero y el personal de servicios generales. Adicionalmente CIPAV cuenta con una Revisoría Fiscal designada directamente por el Consejo Directivo y un grupo permanente para soporte en aspectos legales, de seguridad industrial y gestión de la calidad.