El área incluye entre sus temas la investigación para medir y reducir el impacto de las actividades agropecuarias sobre la cantidad y calidad del agua, y sobre los recursos hidrobiológicos a la escala de las quebradas y los ríos, y el uso de biodigestores de flujo continuo como estrategia para reducir la contaminación causada por vertimientos en zonas rurales y la generación de energía y abonos para el proceso productivo. Se trabaja además en el desarrollo de herramientas metodológicas integrales de monitoreo que faciliten la toma de decisiones para el manejo sostenible de microcuencas.